Dans chaque session, les contributions (résumés ou articles) acceptées font l'objet d'une présentation de 10 minutes. La seconde partie des sessions sera consacrée à des discussions (échanges croisés, tables rondes, synthèse, questions plus approfondies, ...) sur les différents thèmes propres à l'axe.
Axe 1 :Du spectre à la protéine : caractérisation des données et maîtrise des incertitudes
A) Statistique : session du jeudi 29 novembre (Salle Aquarium)
- Benoit Valot et Olivier Langella. Un algorithme de regroupement pour gérer l'identification des protéines dans les analyses de protéomique à haut-débit
- Syvain Bouveret et Thomas Burger. Identification de protéines et prise en compte des peptides partagé
- Amna Klich, Catherine Mercier, Pierre Grangeat, Laurent Gerfault, Jean-Philippe Charrier, Delphine Maucort-Boulch et Pascal Roy. Analyse statistique des performances des méthodes de quantification protéique
- Thomas Burger. Les défauts du calcul du FDR (False Discovery Rate)
B) Apprentissage et réseaux bayésiens : session du vendredi 30 novembre (Salle Aquarium)
- Oliver Horlacher, Frederique Lisacek et Markus Muller. Combining Bayesian Networks and Markov Models for Positioning Modifications on Phosphopeptides
- Faouzi Adjed, Jean-Francois Giovannelli, Audrey Giremus, Pascal Szacherski, Caroline Truntzer, Noura Dridi, Pascal Roy, Patrick Ducoroy, Vincent Picaud, Delphine Maucort-Boulch, Laurent Gerfault, Pierre Grangeat. Vers la découverte et la sélection de marqueur: une approche bayésienne
- Laurent Gerfault, Pascal Szacherski, Jean Francois Giovannelli, Jean Philippe Charrier, Pierre Mahé, Bruno Lacroix et Pierre Grangeat. Présentation d’un algorithme d’inversion hiérarchique bayésien pour la quantification et la classification de données protéomiques
- Antoine Cornuéjols et Christine Martin. Une nouvelle méthode de combinaison d'outils d'identification non supervisés
Axe 2 : Analyse de grands réseaux biologiques et intégration des connaissances « omics »
A) Connaissances, Interopérabilité et Ontologie : session du jeudi 29 novembre (Salle RDC, MJK)
- Stephane Jean, Patrick Girard et Ladjel Bellatreche. Création et utilisation d’ontologies : de l’ingénierie à la protéomique
- Matthew Campbell, Julien Mariethoz, Catherine Hayes, Pauline Rudd, Niclas Karlsson, Nicolle Packer et Frédérique Lisacek. UniCarbKB: a knowledge platform for glycoproteomics
- Guillaume Launay, Nicolas Thierry-Mieg, Christophe Blanchet et Sylvie Ricard-Blum. Acquisition, stockage, analyse et représentation des réseaux d’interactions entre macromolécules biologiques
- Laurent Gatto et Kathryn Lilley. Unified omics data containers for robust, transparent and flexible computational biology
- Olivier Langella et Benoit Valot. Les outils logiciels utilisés sur la plateforme de protéomique PAPPSO (non présenté)
B) Grands graphes et biologie des systèmes : session du vendredi 30 novembre (Amphi MJK)
- Anna Niarakis, Yacine Bounab, Luca Grieco, Marc Daëron et Denis Thieffry. Computational modeling of FcεRI signaling during mast cell activation.
- Stephane Audebert, Anais Baudot, Christine Brun, Luc Camoin, Maria Katsogiannou, Elisabeth Remy, Palma Rocchi et Laurent Tichit. Hsp27 Functions in Castration-Resistant Prostate Cancer: A Systems Biology Approach
- Rémy Nicolle, Mohamed Elati et Francois Radvanyi. Regulatory transformation of gene expression for feature extraction in cancer
- Mohamed Elati, Cuong To et Rémy Nicolle. Optimisation multi-objective pour la recherche de complexes moléculaires dans des réseaux d'interaction protéiques
Axe 3 : Visualisation et navigation dans des masses de données dynamiques et multi-échelles
A) Visualisation : session du jeudi 29 (Salle D102)
- Benoit Otjacques, Thomas Tamisier et Fernand Feltz. Visualisation assistée par l’informatique : une thématique structurante de recherche appliquée
- Laurent Tichit, Alain Guénoche, Anaïs Baudot, Philippe Gambette, Christine Brun, Benoît Robisson, Charles Chapple, Henri Garreta et Lionel Spinelli. Clust&See: a Cytoscape plugin for identification, visualization and manipulation of network clusters
- Renaud Blanch, Christophe Bruley. La visualisation interactive d'information : une piste pour affronter la complexité des données d’identification par spectrométrie de masse ?
B) Visualisation, établissement de benchmarks : vendredi 30 novembre (Salle D102)
- Pas de présentation durant cette session
L'ensemble des contributions est téléchargeable : Archive_Prospectom